Le nom de genre Matricaria vient du latin matrix, -icis « 1. reproductrice, femelle, 2. matrice » (Gaffiot) et du suffixe -arius, -aria, par allusion aux vertus emménagogues de la plante.

Le terme de camomille remonte au grec chamaimelon χαμαιμηλον, littéralement « pomme du sol », le parfum de la camomille rappelant aux Grecs celui des pommes.

L’ancien épithète spécifique recutita est une flexion du latin recutitus « circoncis » (Gaffiot) par allusion au fruit sans pappus.

Histoire
Des plantes de type “camomille” ont été utilisées dans les pharmacopées de l’Antiquité aussi bien en Égypte, qu’en Grèce ou à Rome et les anciens Germains (Warnes, Haries, Jutes, Angles, etc.) connaissaient déjà ses vertus médicinales. Bien qu’il soit souvent difficile d’identifier exactement les plantes mentionnées dans les textes anciens en termes d’espèces botaniques (une notion moderne qui n’a commencé à se préciser qu’au XVIIIe siècle avec Linné et Buffon), le latiniste de l’EPHE, Jacques André, y a reconnu la Matricaria chamomilla sous 16 phytonymes différents (aloitica, anthemis 3, apiana, beneola, chamaemelon 1, eranthemis, etc.).

L’encyclopédiste romain du Ier siècle, Pline, lui-même donnait six noms synonymes et précisait que « il y en a trois sortes qui ne diffèrent que par le feuillage et qui ne dépassent pas une palme ; elles ont de petites feuilles semblables à celles de la rue, blanches, couleur de pomme ou pourpres. » (H.N., livre XXII, 53). Stéphane Schmitt, le traducteur de Pline, indique que ces « trois sortes » sont les trois espèces, actuellement nommées : matricaire camomille Matricaria chamomilla, matricaire dorée M. aurea et Anthemis rosea, la différence de couleur porte en réalité sur la fleur, non sur le feuillage.

Sous Charlemagne, le capitulaire De Villis (De villis vel curtis imperialibus) daté de l’an 812 recommandait la culture d’un certain nombre de plantes potagères dans les jardins du domaine royal. Parmi celles-ci, on trouve febrefugia qui pourrait être la matricaire camomille.